确保舰船安全的基础在于熟练掌握游戏内置的各项功能与养成操作。你可以通过关闭舰队行动界面中的自动返回基地选项，让完成战斗或采集任务的舰队停留在原地待命，这便于进行连续作战或长期驻守，但需注意手动管理舰队的燃料与耐久状态。对关键舰船进行全面的升级与调校是提升其生存能力的根本，例如优先强化航空母舰的血量、护甲、闪避及拦截系统，能显著提高其在战斗中的稳定性。养成及时为基地开启护盾的习惯至关重要，需合理计算护盾持续时间以覆盖离线时段，这是保护基地内所有舰船的最直接手段。
战术层面的主动部署是构成舰船安全体系的核心环节。在舰队编成时，应为主力舰队配备足够的前排抗伤舰船，例如战列巡洋舰，并在其损失殆尽前及时指挥舰队撤退，以避免核心输出舰船被毁。合理的阵型布置与战术选择能有效降低战损，例如利用包夹战术无视敌方前排直接打击其中后排，或派遣高速舰队进行侧翼绕后攻击。在编队管理上，应确保基地常驻一支不包括航母在内的主力舰队，防止被袭击时航母被自动分散到不同队伍中，从而保持核心战斗群的完整性与快速反应能力。
对于高价值且脆弱的特定舰船类型，需要采取专项保护措施。航空母舰作为战略核心，其防护需多管齐下：在舰队中配置防空拦截单位，如携带防空型巡洋舰，以应对敌方护航艇或战机的侧翼攻击；在劣势局势下，应将航母单独编队并指挥其向安全区域曲速航行撤离；即便在优势局面下，也应避免让航母在野外过夜，以防被偷袭。非战斗的工程船则需依赖不同的策略，包括规划航线时尽量避开敌方活跃区域、与其他玩家联合进行保护、在感知到危险时果断撤离，以及为其后期加装护盾发生器增强防御。
利用游戏环境机制并与他人协作是高级的安全保障思路。在进行采集或驻扎时，可以选择高能辐射区或小行星带等环境，这些地形能一定程度上限制某些舰船的行动，从而提供天然屏障。理解并善用封锁功能，既能控制野怪刷新点获取经验，也可能在关键通道形成威慑，但需注意不当使用可能引发冲突。加入一个活跃的联盟并迁移至其领地内，可以获得集体保护，共享情报与资源，在面对强敌或执行高风险任务时，请求盟友的舰队协助建造或防御能极大提升安全性。
应对某些特殊攻击模式需要预设专门的防御方案。面对敌方发起的战略打击，这不是单一个体能够完全抵御的，需要整个团队共同应对，在舰队中尽可能多地配备独立作战的防空型载机或防空舰船，并将航母的舰载机配置调整为侧重防空。保证舰载机编队的安全则依赖于构建层次化的防空网络，结合防空战舰、防空战机以及具备区域防空能力的护航艇，形成多层拦截，并充分利用舰载机返回母舰自动修复的特性来维持持续战斗力。
